El Decreto Ejecutivo N° 118, establece disposiciones relativas a la representación de sus miembros, siendo éstos originalmente los Ministerios de Relaciones Exteriores, Interior, Justicia, Educación, Defensa Nacional, Salud Pública y Asistencia Social, Seguridad Pública, la Fiscalía General de la República, la Procuraduría General de la República, la Procuraduría para la Defensa de los Derechos Humanos y la Cruz Roja Salvadoreña.
En cuanto a la estructura interna del Comité se definieron los órganos siguientes: el Comité en pleno, Presidencia y Secretaría Permanente; estas últimas son asumidas por el Ministerio de Relaciones Exteriores.
Actualmente el CIDIH-ES, cuenta con la participación de las siguientes instituciones: